令和7年分（2025年分）の確定申告における医療費控除は、2026年2月16日から3月16日までの申告期間に手続きを行い、年間の医療費から10万円（または総所得金額等の5%）を差し引いた金額を所得から控除できる制度です。令和7年度税制改正により基礎控除が最大95万円へ大幅に引き上げられたため、所得税の還付額や申告戦略に従来とは異なる判断が求められます。この記事では、医療費控除の計算方法から対象となる医療費の範囲、確定申告の具体的な手続き、そして家族間での最適な申告戦略まで、2026年の申告に必要な情報を網羅的に解説します。
令和7年分確定申告と医療費控除の概要
令和7年分の所得税および復興特別所得税の確定申告は、2026年2月16日（月曜日）から3月16日（月曜日）までが申告期間となります。通常であれば3月15日が期限ですが、2026年は3月15日が日曜日にあたるため、翌営業日の3月16日が法定の申告・納付期限として設定されています。この期限を過ぎると期限後申告として扱われ、無申告加算税や延滞税といったペナルティが課される可能性があるため、計画的な準備が重要となります。
医療費控除は、1月1日から12月31日までの1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、その超過分を所得から差し引くことができる所得控除の制度です。この制度の本質は、予期せぬ病気や怪我によって多額の医療費を支出した納税者に対し、税負担を軽減するという点にあります。医療費控除を適用することで、所得税の還付を受けられるだけでなく、翌年度の住民税も軽減されるため、該当する方は積極的に活用すべき制度といえます。
還付申告については、確定申告期間を待たずに手続きできる点が大きな特徴です。医療費控除による還付のみを目的とする場合は、2026年1月1日以降であればいつでも提出可能であり、その後5年間は遡って申告することもできます。e-Taxシステムやマイナポータル連携を活用すれば、スマートフォンからでも手続きが可能なため、申告期間前に早めに準備を進めることで、混雑を避けてスムーズに還付を受けられます。
令和7年度税制改正が医療費控除に与える影響
令和7年度税制改正では、いわゆる「103万円の壁」の見直しに伴い、基礎控除および給与所得控除が大幅に引き上げられました。この改正は医療費控除の適用判断に大きな影響を与えるため、しっかりと理解しておく必要があります。
基礎控除の引き上げと多段階化
従来の基礎控除は合計所得金額2,400万円以下であれば一律48万円でしたが、令和7年分からは基本となる基礎控除額が58万円に引き上げられました。さらに注目すべきは、合計所得金額が132万円以下（給与収入換算で約200万円以下）の納税者に対して、最大37万円の上乗せ措置が講じられたことです。これにより、この所得層では基礎控除が最大95万円となります。所得が増えるにつれて上乗せ額は段階的に30万円、10万円、5万円と縮小し、合計所得金額が655万円を超えると上乗せはなくなり、一律58万円が適用されます。
給与所得控除の底上げ
給与所得控除についても、最低保障額が従来の55万円から65万円へと10万円引き上げられました。この改正により、特にパートタイムやアルバイトで働く方の税負担が直接的に軽減されます。基礎控除と給与所得控除を合計すると、所得税が発生しない年収ライン（課税最低限）は、従来の103万円から最大160万円程度へと大幅に引き上げられることになります。
医療費控除への影響
この「課税最低限の引き上げ」は、医療費控除の活用戦略に大きな変化をもたらします。医療費控除は所得控除の一種であり、課税される所得から差し引くことで税負担を軽減する仕組みです。そのため、今回の改正によってそもそも所得税がゼロになる納税者にとっては、どれだけ高額な医療費を支払っていたとしても、所得税の還付を受けるというメリットは発生しません。これまで「年収103万円を超えているから医療費控除で税金を取り戻そう」と考えていた層が、令和7年分からは「そもそも税金を払っていないので戻ってくるものがない」という状況になり得るのです。
ただし、住民税については所得税とは異なる控除体系や非課税基準が存在します。所得税の還付がない場合でも、住民税の減税効果を得るために医療費控除の申告を行うことには意義があります。年収160万円程度の方でも住民税（所得割）として約3万2,000円程度が課税される可能性があり、医療費控除を申告することでその負担を軽減できる場合があります。
医療費控除の計算方法と足切り額
医療費控除額の計算には明確なルールがあります。まず、その年に支払った医療費の総額から、保険金などで補填される金額（生命保険の入院給付金や健康保険の高額療養費など）を差し引きます。その残額からさらに「足切り額」を差し引いた金額が医療費控除額となり、上限は200万円です。
二つの足切り基準
足切り額には二つの基準が存在し、納税者の所得規模によって適用が異なります。
総所得金額等が200万円以上の場合は、一律10万円が足切り額となります。つまり、保険金などで補填された後の実質医療費負担額が10万円を超えた部分のみが控除対象です。
総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円ではなく「総所得金額等の5%」が足切りラインとなります。例えば、総所得金額等が150万円の方であれば、その5%にあたる7万5,000円を超えた医療費が控除対象となるため、10万円に満たない医療費でも控除を受けられる可能性があります。
還付金額の計算
医療費控除は「支払った医療費がそのまま戻ってくる制度」ではないという点に注意が必要です。算出された控除額に対し、納税者に適用される所得税率を掛け合わせた金額が還付金として戻ります。さらに、翌年度の住民税（税率は一律10%）も控除額の分だけ軽減されます。
例えば、控除対象となる医療費が20万円の場合を考えてみます。年収800万円で所得税率が23%の方であれば、20万円×23%=4万6,000円の所得税還付に加え、住民税も20万円×10%=2万円軽減されます。一方、年収300万円で所得税率が10%の方であれば、所得税還付は2万円、住民税軽減も2万円となります。このように、所得が高いほど還付効果が大きくなる仕組みとなっています。
医療費控除の対象となる医療費
医療費控除の対象となるかどうかは、その支出が「治療」目的か「予防・美容」目的かによって判断が分かれます。判断に迷いやすい項目について詳しく解説します。
眼科治療関連の費用
レーシック手術およびICL手術は、健康保険が適用されない自由診療であり、数十万円単位の高額な費用がかかります。しかし、これらは眼の機能そのものを回復させる治療の対価として認められており、医療費控除の対象となります。ICL手術の場合、両目で60万円から80万円程度の費用がかかることが一般的ですが、これを申告することで、所得税率20%の納税者であれば所得税の還付と住民税の減税を合わせて約15万円以上の税負担軽減が期待できます。手術に伴って処方される点眼薬や術後の定期検査費用も控除対象に含めることができます。
一方、一般的な眼鏡やコンタクトレンズは、近視や遠視、老眼の矯正のために購入するものであり、原則として医療費控除の対象外です。ただし、医師が治療のために必要不可欠と判断し、所定の処方箋に基づいて作成された眼鏡（弱視、斜視、白内障術後の特定眼鏡など）については例外的に控除対象となります。
歯科治療関連の費用
子供の歯列矯正は、成長阻害を防ぐという医学的な必要性が認められやすく、原則として医療費控除の対象となります。大人の歯列矯正については、単に審美目的のみの場合は対象外ですが、噛み合わせが悪く咀嚼に支障がある場合や発音に問題がある場合など、医学的な必要性があると医師が診断したものは対象となります。
インプラント治療は保険適用外で高額ですが、欠損した歯を補うための治療行為であるため、医療費控除の対象となります。虫歯治療において、自由診療の金歯やセラミックを選択した場合も、一般的に使用されている材料の範囲内であれば控除対象です。さらに、インプラント治療のために組んだデンタルローンについても、信販会社が歯科医院に立替払いをした年の医療費として、その元本全額を申告可能です。ただし、金利手数料部分は控除対象外となります。
不妊治療関連の費用
不妊治療にかかる費用は、保険診療・自費診療を問わず、医師による治療の対価であれば医療費控除の対象となります。人工授精、体外受精、顕微授精などの技術料に加え、医師の処方による医薬品代も対象です。
重要な注意点として、自治体からの助成金や健康保険組合からの高額療養費、出産育児一時金などを受け取った場合は、その金額を支払った医療費から差し引く必要があります。例えば、不妊治療費が年間100万円かかり、自治体の助成金を30万円受け取った場合、医療費控除の計算ベースとなるのは70万円です。
スポーツジム利用料
スポーツジムの会費を医療費控除の対象とするには、非常に厳格な条件を満たす必要があります。まず、高血圧、脂質異常症、糖尿病、虚血性心疾患などの生活習慣病で医師の治療を受けていることが前提となります。次に、医師が運動療法が必要と判断し、運動療法処方箋または生活習慣病療養計画書を発行していることが求められます。そして、厚生労働省が認定した指定運動療法施設で週1回以上、8週間以上の継続的な運動を行い、ジムから実施証明書と領収書を受け取る必要があります。単に健康維持のためにジムに通っているだけでは対象外となります。
通院費およびその他の費用
電車やバスなどの公共交通機関の運賃は医療費控除の対象となります。領収書が出ない場合は、日付、経路、運賃を記録しておけば認められます。タクシー代は、急病や公共交通機関の利用が困難な場合（陣痛時、深夜の緊急搬送、足の骨折など）に限り対象となります。一方、自家用車で通院した場合のガソリン代、駐車場代、高速代は対象外です。
健康診断や人間ドックは原則として対象外ですが、検査の結果、重大な疾病が発見され引き続き治療を受けた場合に限り、その検査費用も治療の一環として控除対象となります。風邪薬や胃腸薬など治療のために薬局で購入した医薬品は対象ですが、予防目的のビタミン剤やマスクは対象外となります。
セルフメディケーション税制との選択
医療費控除には、通常の医療費控除に加えて「セルフメディケーション税制」という特例制度があります。この二つは選択適用であり、併用することはできません。
セルフメディケーション税制の概要
セルフメディケーション税制は、健康診断や予防接種などの「一定の取組」を行っている納税者が、対象となるスイッチOTC医薬品などを年間1万2,000円以上購入した場合、その超過分（上限8万8,000円）を所得から控除できる制度です。適用期限は2026年12月31日まで延長されています。
対象となる医薬品は、当初は医療用から転用されたスイッチOTC医薬品に限られていましたが、現在ではスイッチOTC以外の一定の医薬品（腰痛、肩こり、風邪、アレルギー等の薬）にも対象が拡大されています。ドラッグストアのレシートには対象商品名の横に★マークなどが印字されており、判別しやすくなっています。
どちらを選ぶべきか
年間の医療費総額が10万円を超える場合は、原則として通常の医療費控除の方が有利になる可能性が高いです。通常の医療費控除は上限が200万円と高く、医薬品だけでなく診療費、入院費、交通費もすべて合算できるためです。
年間の医療費総額が10万円以下だが、対象OTC医薬品の購入額が1万2,000円を超える場合は、セルフメディケーション税制を選択することで控除を受けられます。例えば、病院にはほとんど行かなかったが、重度の花粉症や偏頭痛のために高価な市販薬を年間3万円分購入した場合、通常の医療費控除では控除額はゼロですが、セルフメディケーション税制なら3万円から1万2,000円を差し引いた1万8,000円の所得控除が受けられます。
確定申告の具体的な手続き方法
申告に必要な書類
確定申告に必要なものとして、会社員等の場合は源泉徴収票が必要です。令和7年分から控除額等の記載内容が変更されている可能性があるため、最新のものを確認してください。医療費控除の明細書は国税庁のウェブサイトからダウンロードするか、e-Taxの作成コーナーでデジタル作成できます。健康保険組合等から送られてくる医療費通知（医療費のお知らせ）があれば、これを添付することで明細書の記入を省略できます。病院や薬局の領収書は提出不要ですが、5年間の自宅保存義務があります。マイナンバーカードはe-Tax送信およびマイナポータル連携に必要となります。
マイナポータル連携の活用
マイナポータル連携を活用することで、医療費控除の手続きを大幅に簡略化できます。この機能は、マイナンバーカードを使って健康保険組合が持つ医療費データや生命保険会社が持つ控除証明書データを、e-Taxシステムに一括で取り込むものです。
最大のメリットは、マイナポータル経由で取得しe-Taxで送信した医療費データについては、領収書の保存義務自体が免除される点です。紙の領収書を5年間保管し続ける手間から解放されます。
ただし注意点もあります。医療費データがマイナポータルに反映されるまでには受診から通常2ヶ月程度かかるため、申告時期において前年11月・12月分のデータがまだ反映されていない場合があります。この未反映分については手元の領収書をもとに手入力する必要があり、その分の領収書は5年間保存しなければなりません。また、保険診療以外の自由診療（自費のインプラント、矯正など）や通院交通費はデータ連携されないため、手入力が必要です。
スマートフォンでの申告手順
スマートフォンでの申告が主流になりつつあり、具体的な手順は以下の通りです。まず国税庁の確定申告書等作成コーナーにスマートフォンのブラウザからアクセスし、作成開始をタップします。マイナポータルアプリを経由してマイナンバーカードで本人確認を行い、医療費情報を取得するオプションを選択して健康保険組合からのデータを一括取得します。データ連携されていない医療費や自由診療、交通費などを追加入力すると、システムが自動的に足切り計算を行い控除額を算出します。最終的な還付金額が表示されたら、電子署名を付与してデータを送信すれば完了です。
家族間での最適な申告戦略
医療費控除は「生計を一にする親族」の分をまとめて申告できます。ここで重要なのは、誰が申告するかによって節税効果が大きく変わるという点です。
基本戦略は高所得者が申告
所得税は累進課税制度をとっており、所得が高いほど税率が高くなります（5%から45%）。医療費控除は所得から差し引く制度なので、税率が高い人が申告した方が戻ってくる税金は多くなります。例えば、控除対象となる医療費が20万円あった場合、年収800万円で税率23%の方が申告すれば4万6,000円の還付ですが、年収300万円で税率10%の方が申告すると2万円の還付となります。この場合、高所得者がまとめて申告する方が家計全体で2万6,000円得することになります。
所得200万円未満のケースでは逆転も
ただし、医療費控除の足切り額は「10万円」または「総所得金額等の5%」の低い方が適用されます。例えば、妻のパート収入が少なく総所得金額等が100万円だった場合、足切り額は5万円となります。年間の医療費が8万円だった場合、所得500万円の夫が申告しても足切り10万円を超えないため控除額はゼロですが、所得100万円の妻が申告すれば足切り5万円を超えた3万円分の控除が可能となります。
令和7年改正後の住民税申告戦略
令和7年分からは基礎控除と給与所得控除の合計が最大160万円程度になるため、年収160万円以下の方は所得税がゼロになる可能性が高いです。所得税がゼロであれば医療費控除を申告しても所得税の還付金は発生しません。
しかし、住民税の非課税ラインは所得税より低く設定されているため、年収160万円の方でも住民税は課税されている可能性があります。この場合、医療費控除を申告することで住民税の節税メリット（控除額×10%）を享受できます。税務署への確定申告書を提出すれば住民税にも自動反映されますが、所得税の申告義務がない場合は市区町村に直接「住民税の申告書」として医療費控除の明細を提出することも可能です。
まとめと申告に向けたアクションプラン
令和7年分の確定申告における医療費控除を効果的に活用するためには、3つのステップで戦略を立てることが重要です。
第一のステップは課税所得の再確認です。自身の年収から新しい基礎控除（最大95万円）と給与所得控除（最低65万円）を差し引き、そもそも所得税が発生しているかを確認します。所得税がゼロの場合でも、住民税の節税のために申告するかどうかを検討する価値があります。
第二のステップは医療費の総点検です。病院代だけでなく、薬局で購入した風邪薬、通院の電車賃、不妊治療費、子供の矯正歯科費用などを漏れなく洗い出します。レーシックやICL、インプラントなどの高額な自由診療も忘れずに含めてください。控除対象となるかどうか判断に迷う費用については、医師の証明書等の要件を満たしているか確認することが大切です。
第三のステップはデジタル申告の活用です。マイナポータル連携を活用することで事務負担を大幅に軽減できます。ただし、11月・12月分のデータ反映遅延や自由診療の入力漏れには注意が必要です。還付申告は2026年1月1日以降いつでも可能なので、早めに準備を進めることをお勧めします。
医療費控除は申請しなければ1円も戻ってこない制度です。2026年の申告は税制改正の過渡期にあたるため、自身の状況を正確に把握した上で、最適な申告戦略を選択することが家計を守る第一歩となります。
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